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Die Ur- und Frühgeschichtliche Sammlung enthält Funde nahezu aus der ganzen Welt von den Anfängen bis in die Frühe Neuzeit, die durch Ankäufe, Schenkungen und Ausgrabungen des Instituts erworben worden sind. Die Sammlung wurde 1914 als 'Anthropologisch-Prähistorische Sammlung' gegründet und zunächst den Direktoren des Anatomischen Instituts (Leo Gerlach) und des Geographischen Instituts (Wilhelm Volz) zur Verwaltung unterstellt. Ab 1933 bekam die Sammlung mit Prof. Dr. Rudolf Paulsen (1893-1975) einen eigenen Kustos, der sich unter Ausnutzung des Zeitgeistes um die Trennung der prähistorischen von der anatomischen Abteilung bemühte. 1938 gelang ihm die Einrichtung eines eigenen 'Seminars', 1941 eines 'Instituts für Ur- und Frühgeschichte', dem die Sammlung zugewiesen wurde. Die Ausstellungsräume blieben bis 1957 weiterhin in der Anatomie. Nach der Fertigstellung des neuen Philosophischen Seminargebäudes zogen das Institut für Ur- und Frühgeschichte und die Sammlung 1957 in die Kochstraße um. Damit war auch die räumliche Trennung von der Anatomie endgültig vollzogen. Die Sammlung umfasst heute rund 200 000 Objekte aus mehr als 800 Fundorten aus Europa, Asien, Afrika, Amerika, Australien und Ozeanien.